Изгнание гиксосов позволило Египту расширить связи с Азией. Возможно, из соображений безопасности, опасаясь ещё одной угрозы со стороны гиксосов, а может быть, в стремлении установить необходимые им торговые связи с азиатскими странами, египтяне с тех пор не ограничивались традиционным обособленным существованием в долине Нила. Теперь Египет стал частью средиземноморского мира.
Внук Яхмоса Тутмос I расширил пределы страны как в южном, так и в северном направлении. Он привел свое войско к верховьям Евфрата и на берегу этой реки воздвиг триумфальную стелу с надписью. Его внук Тутмос III был величайшим из всех египетских фараонов, однако ещё в детстве был оттеснен с трона своей мачехой, царицей Хатшепсут, двадцатилетнее правление которой отмечено значительными успехами во внешней торговле (снаряжение экспедиции в Пунт) и архитектуре (строительство зодчим Сенмутом заупокойного храма Хатшепсут Джесер Джесеру в Дейр эль-Бахри), при этом царица, по всей видимости, организовала по меньшей мере два полноценных военных похода. После смерти Хатшепсут Тутмос III, получив единоличную власть, сам предпринял 17 походов в Азию и, отличившись в целом ряде сражений, начиная с битвы при Мегиддо, разгромил коалицию правителей Сирии и Палестины, оттеснил могущественное государство Митанни и подчинил большинство восточных соседей.
Эпохой процветания и могущества было для Египта и 32-летнее правление Аменхотепа III (ок. 1455—1419 до н. э.), пожинавшего плоды завоеваний Тутмоса III. Аменхотеп III считается одним из величайших строителей в истории Египта.
Реформа Эхнатона
К тому времени основой могущества царской власти была поддержка войска и жрецов бога Амона-Ра. Однако после прекращения войн в Азии государство нуждалось в новых опорах. После смерти Аменхотепа III трон занял его сын Аменхотеп IV, который вошел в историю как религиозный реформатор. Свое имя он сменил на Эхнатон (Ахенатон) в знак отрицания своей связи с богом Амоном, на которую указывало имя Аменхотеп. Эхнатон упразднил почитание бога Амона, удалился в основанную им близ Гермополя новую столицу Ахетатон (ее развалины в настоящее время носят название Эль-Амарна) и провозгласил культ единственного истинного бога Атона, символом которого являлся солнечный диск. Могущественное жречество, связанное с культом Амона, было подавлено, храмы этого бога закрыты, и даже его изображения были стесаны или уничтожены.
Борьба с традиционной религией продолжалась 17 лет, но завершилась со смертью Эхнатона. Катастрофой для Египта обернулось его пренебрежение прямыми царскими обязанностями. Мятежные вожди азиатских народов, насильно включенных в державу на Ниле, немедленно воспользовались тем, что Эхнатон ослабил бразды государственного правления. Такая ситуация предоставляла долгожданную возможность сбросить обременительное иго. Несколько преданных фараону номархов обратились к нему с просьбой поддержать их борьбу с агрессивными соседями; но когда их письма (сохранившиеся на табличках из Эль-Амарны) остались без ответа, они прекратили свои безуспешные попытки. От огромной державы, с таким трудом создававшейся предшественниками Эхнатона, практически ничего не осталось. Семенехкара (1348-47 гг. до н. э.) через некоторое время восстановил культ Амона и старым богам было возвращено их прежнее положение.
О богатстве Египта в эпоху правления XVIII династии можно составить представление по находкам сокровищ в открытой в 1922 гробнице Тутанхамона — зятя Эхнатона. Реальными правителями во время его царствования (ок. 1400—1392 до н. э.) были прежний верховный жрец Атона Эйе и главный военачальник Эхнатона Хоремхеб. После смерти юного фараона его вдове Анхесенамон предложил выйти замуж сын хеттского царя Суппилулиумы I, однако был убит египетской знатью. После с Анхесенамон выступил в брак Эйе, который считается последним царем XVIII династии, а Суппилулиума I полностью изгнал египтян из Азии.
XIX и XX династии
После выдвинувшегося на первый план засчет своих хеттских походов Хоремхеб, основателя новой XIX династии, на троне оказался немолодой Рамсес I. В правление его сына Сети I (примерно 1337—1317 до н. э.) под власть Египта вернулись Палестина, Финикия и южно-центральная Сирия. Рамсес (Рамзес) II Великий (ок. 1317—1251 до н. э.) также воевал на этих территориях, то возвращая их под свою власть, то вновь теряя, а основным соперником Египта оставалось Хеттское царство. Однако возрожденная «держава» была столь непрочной, что Рамсес II счел целесообразным подписать договор о мире с Хаттусили III, царем могущественных хеттов, занявших принадлежавшее прежде египтянам место властителей Западной Азии.
За долгим правлением Рамсеса II последовал период непрерывных массовых миграций разных народов в Центральное Средиземноморье. Преемникам этого царя пришлось испытать вторжения ливийцев с запада, а Рамсес III (ок. 1204—1173 до н. э.), второй царь XХ династии, столкнулся на севере и востоке с мощным союзом не родственных между собой племен-завоевателей — т. н. «народов моря», чьего натиска не выдержали даже могущественные хетты. Рамсес III успешно противостоял их полчищам, но его продолжительное пребывание на троне было омрачено войнами, восстаниями населения, а также заговорами и интригами членов его собственной семьи. Рамсес III был последним великим правителем эпохи Нового царства. Около 1075 г. до н. э. после смерти последнего фараона XX династии Рамсеса XI, Египет распадается на две части — Фиванскую область во главе с верховным жрецом Амона Херихором, и объединяющее в себе Средний и Нижний Египет государство с центром в г. Танис.
Третий периходный период
В начале Третьего переходного периода южная часть Египта остается под властью наследников Херихора, а в среднем и Нижнем Египте правит XXI династия. В это время в ряде номов этих районов возывышаются бывшие ливийские военные предводители, осевших в Египте еще в эпоху Нового царства. Один из них, Шешонк I в 945 г. до н. э. захватывает трон и становится основателем XXII династии, известную как «ливийская». Успешные попытки централизованого объединения приводят к тому, что Шешонку удается предпринять после смерти цара Израиля Соломона успешный поход на Палестину в 925 г. до н. э., однако уже его сын Осоркон I терпит поражение от царя Иудеи Асы приблизитеольно в 897 г. до н. э., а ко второй половине XVIII в. до н. э. уже Египет перестает быть единым государством.
Усилившийся правитель из Саиса Тефнахт устанавливает твердую власть XXIV династии над дельтой Нила и районом Мемфиса (727—720 гг. до н. э.), а его преемник Бокхорис издает ряд законов, направленных протев долгового рабства. Однако уже в 715 г. до н. э. к власти пришел Шабака из XXV династии, самым значительным из фараонов которой был Тахарка (690—664 гг. до н. э.), объединивший Нубию и Египет в единое государство. Он также пытался соперничать с Ассирией и в итоге ее царь Ассархаддон завоевал Египет в 671 г. до н. э.
Ассирийцы не стремились выстроить в Египте постоянную систему власти и удовлетворились признанием зависимости местных правителей. В «Истории» Геродота этот период называется «додекархия», то есть правление двенадцати царей, деливших страну между собой. В 663 г. один из них, Псамметих I, воспользовавшись войной Ассирия с другим правителем — Танутамоном, начинает расширять свои владения и вскоре контролирует дельту Нила, а к 656 г. до н. э. объединяет весь Египет, включая давно автономные Фивы и основывет XXVI династью, введя Египет в период «Саисского возрожения».
Позднее царство
На правление Псамметиха I приходится волна нашествия кочевников-скифов, не задевших сам Египет, но значительно ослабивших Ассирийское государство, чем и воспользовались фараоны. В 610 г. до н. э. Нехо II занял всю территорию Восточного Средиземноморья, однако уже в 600 г. до н. э. оказывается вытесненным оттуда вавилонским царем Навуходоносором II. Усиливающееся влияние Вавилона на внутреннюю политику Египта в итоге приводит к воцарению поддерживаемого вавилонянами военачальника Яхмоса (Амасиса), который после смерти Навуходоноссора прерывает контакты с государством Междуречья. Около 560 г. до н. э. он захватывает Кипр, а город Навкратис становится крупнейшим торовым центром. Благодаря этому налаживаются тесные контакты с греками, в произведениях которых можно найти много упоминаний о фараоне Амасисе.
К середине 520-х гг. до н. э. Египет остается единственным государством, не зависимым от Персии, однако в 526 г. до н. э. после смерти Амасиса персидский царь Камбис начинает войну против Египта и в итоге становится основателем новой XXVII персидской династии фараонов. Господство персов, длившееся более века, окончилось в 404 г. до н. э., когда правитель из Саиса Амитрей, считающийся единственным правителем XXVIII династии, поднял восстание и изгнал их.
В 398 г. до н. э. к власти пришла XXIX династия из Мендеса, а уже в 380 г. до н. э. — XXX династия из Севенниты, к которой принадлежал отразивший новое персидское вторжение Нектанеб I. Но в 343 г. до н. э. Египет уже не смог воспротивится новому вторжению во главе с Артаксерксом III. Персидское владычество окончилось лишь со вступлением в Египет в конце 332 г. до н. э. войск Александра Великого, положившим начало нового эллинистического периода истории страны.